本中心整合本校天然藥物暨新藥研發相關之優秀研究人才與資源，建立天然藥物開發之特色與模式，促進天然藥物在基礎研究與臨床應用，提升本校研發能量並與產學合作接軌，以邁向國際頂尖研究水準。
任務目標如下：
- 開發及建立本土中草藥活性成分之化學與藥理圖資
- 探討活性劃分與活性化合物之藥理作用機轉
- 毒理與動物模式驗證等臨床前試驗研究
- 連結基礎醫學和藥物開發的研究，推展臨床治療，擴大與加速研究的應用與實用性
- 結合本校、附設醫院基礎與臨床醫學之利基，邁入轉譯醫學研究新里程碑
- 強化5+2產業開發能量克服研發製程開發缺口，創造聚落效應
- 強化教育與產業鏈結，推廣與創新產業成果
- 台灣藥物樣品資料庫整合與建置計畫
短中長期任務目標及效益規劃如下：
| 期程 | 目標內容 |
|---|---|
| 短期目標 | 推動天然藥物應用研究，透過業界廠商、醫院臨床、法人開發單位合作，並拓廣南向馬來西亞國際合作項目。 透過天然藥物收集與數位資料庫之建構， 將建置涵蓋台灣天然藥物、辜嚴倬雲植物保種中心、海洋天然物等豐富資料庫。 |
| 中期目標 | 完成部分臨床前與臨床研究，推動論文發表、專利申請與成果原型製作及商品化；新資源方面將建構完成 台灣天然藥物樣品收集與資料登錄； 新技術方面將完成天然藥物生產技術驗證。 |
| 長期目標 | 進行商品化與技術移轉，增加校內師生團隊衍生新創比例，完成台灣天然藥物資料庫系統提供各方查詢與媒合；新技術方面將完成生產珍稀天然物工業化放大與製程驗證。 |
