本中心提供多種生物資訊分析方法，包含分子對接計算(Molecular Docking)、分子模擬(Molecular Modeling)、電腦虛擬篩選(Virtual Screening)及定量結構活性關係計算(QSAR)等服務技術，並搭配國家高速網路與計算中心提供之軟硬體設備，進行相關模擬計算。

技術簡介

一、  分子對接計算(Molecular Docking)

       本中心可運用多種小分子對接計算軟體，例如:AutoDock、iGEMDOCK、GOLD等軟體進行小分子與蛋白質活化位之間的對接計算，搭配基因演算法或拉馬克基因演算法作為搜尋化合物形態的方法，並以分子模擬方法(Molecular Modeling)進一步了解其相互之間的交互作用力大小，作用力關係及其作用的距離。

       分子對接計算可提供新藥開發研究者進一步的分子生物資訊，包含小分子或蛋白質的氫鍵作用力提供及被提供者數目、小分子與蛋白質活化位的極性與非極性作用關係、小分子在蛋白質活化位的構形表現等資訊，提供以結構為基礎之小分子藥物優化設計方向。

二、  電腦虛擬篩選(Virtual Screening)

      本中心可運用多種小分子對接計算軟體，藉由對接計算方法針對特定蛋白質的活化位進行電腦虛擬篩選，從小分子巨量資料庫(例如ZINC Database)中針對特定蛋白質的活化位篩選出有影響潛力的小分子。

      電腦虛擬篩選技術具有高速且低廉的優勢，並利用計算模擬方法做為化合物開發及修飾的參考資訊，具有處理大規模資料之優勢，可幫助生物醫學研究者，可針對特定蛋白結構找出有潛力的小分子，也可進行後續小分子抗癌或抗發炎等生物活性實驗，若從生物活性驗證中找到具活性之小分子，亦可進一步規劃接續之訊息傳遞路徑實驗。

 三、  定量結構活性關係(QSAR; Quantitative Structure–Activity Relationship)

       本中心運用國家高速網路與計算中心提供的SYBYL軟體進行3D QSAR。3D QSAR為以小分子為基礎建立之結構與活性關係之模型。CoMFA及CoMSIA模型可以提供小分子在模擬力場上的狀態，供新藥開發研究者進一步資訊，以修飾小分子成最佳優化之潛力藥物。

服務項目

1.小分子與蛋白質對接計算模擬

2.小分子或蛋白質分子模擬分析

3.電腦虛擬藥物篩選

4.定量結構活性關係分析

服務專線

請洽本中心 (07)312-1101 #2318 / 2004 rcnpdd@kmu.edu.tw

或洽吳永昌主任 (07)312-1101 #5347 yachwu@kmu.edu.tw