本中心提供多種生物資訊分析方法包含分子對接計算(Molecular Docking)分子模擬(Molecular Modeling)電腦虛擬篩選(Virtual Screening)及定量結構活性關係計算(QSAR)等服務技術並搭配國家高速網路與計算中心提供之軟硬體設備進行相關模擬計算

 

技術簡介


一、  分子對接計算(Molecular Docking)

 

       本中心可運用多種小分子對接計算軟體例如:AutoDockiGEMDOCKGOLD等軟體進行小分子與蛋白質活化位之間的對接計算,搭配基因演算法或拉馬克基因演算法作為搜尋化合物形態的方法並以分子模擬方法(Molecular Modeling)進一步了解其相互之間的交互作用力大小作用力關係及其作用的距離

       分子對接計算可提供新藥開發研究者進一步的分子生物資訊包含小分子或蛋白質的氫鍵作用力提供及被提供者數目小分子與蛋白質活化位的極性與非極性作用關係小分子在蛋白質活化位的構形表現等資訊提供以結構為基礎之小分子藥物優化設計方向

 

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docking12

 


二、  電腦虛擬篩選(Virtual Screening)

 

      本中心可運用多種小分子對接計算軟體藉由對接計算方法針對特定蛋白質的活化位進行電腦虛擬篩選從小分子巨量資料庫(例如ZINC Database)中針對特定蛋白質的活化位篩選出有影響潛力的小分子

      電腦虛擬篩選技術具有高速且低廉的優勢,並利用計算模擬方法做為化合物開發及修飾的參考資訊,具有處理大規模資料之優勢,可幫助生物醫學研究者,可針對特定蛋白結構找出有潛力的小分子,也可進行後續小分子抗癌或抗發炎等生物活性實驗,若從生物活性驗證中找到具活性之小分子,亦可進一步規劃接續之訊息傳路徑實驗

 

 VirtualScreeningflowchart


 三、  定量結構活性關係(QSAR; Quantitative Structure–Activity Relationship)

 

       本中心運用國家高速網路與計算中心提供的SYBYL軟體進行3D QSAR。3D QSAR為以小分子為基礎建立之結構與活性關係之模型。CoMFA及CoMSIA模型可以提供小分子在模擬力場上的狀態,供新藥開發研究者進一步資訊,以修飾小分子成最佳優化之潛力藥物。

 

3D QSAR   

 

 

服務項目


1.小分子與蛋白質對接計算模擬

2.小分子或蛋白質分子模擬分析

3.電腦虛擬藥物篩選

4.定量結構活性關係分析

 

  

 

服務專線


請洽本中心 (07)312-1101 #2318 / 2004 rcnpdd@kmu.edu.tw

或洽吳永昌主任 (07)312-1101 #5347 yachwu@kmu.edu.tw

 

 

 

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