本中心由吳永昌講座教授擔任中心主任，負責擬定與評估中心營運機制與研究計畫稽核。本中心敦聘國際馳名教授與生技藥界負責人擔任諮詢委員提供建言，以建立天然藥物研發為特色之頂尖「天然藥物暨新藥開發研究中心」，期能成為世界天然藥物研究基地，並將天然藥物暨新藥之開發推向國際舞台。本中心亦配合科技部、衛福部、農委會之需求，加強產、學、研界之合作，提供專業高階服務及諮詢，完整串接農業生技及醫藥產業發展，強化5+2產業開發能量克服研發製程開發缺口，創造聚落效應特以天然藥物加值農業生技醫藥產學研鏈結計畫為營運方針。 另為強化教育與產業鏈結，本中心與產學處（育成中心、智財、產學合作組）負責計畫團隊徵求、產業成果推廣與創新商品化、育成中心進駐與投資媒合等項目。